صندوق نوآوری و شکوفایی، نهادی با شخصیت حقوقی و دارای استقلال استخدامی و اداری و مالی و معاملاتی است که اساسنامه آن در سال ۱۳۹۰ به تصویب هیئت وزیران رسید. صندوق نوآوری و شکوفایی به منظور کمک به تحقق و توسعه اقتصاد دانش‌بنیان، تکمیل زنجیره ایده تا بازار و تجاری‌سازی نوآوری‌ها، دستاوردهای پژوهشی و اختراعات و کاربردی شدن دانش از طریق ارائه کمک‌ها و خدمات مالی و پشتیبانی به شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان تشکیل شده است. هیئت امنا، هیئت عامل، رییس هیئت عامل (رییس صندوق) و بازرس، ارکان صندوق نوآوری و شکوفایی را تشکیل می‌دهند. هیئت امنا عالی‌ترین رکن صندوق نوآوری و شکوفایی و رئیس جمهور رئیس هیئت امنای این صندوق است. ترکیب هیئت امنای صندوق نوآوری و شکوفایی شامل رییس جمهور، معاون علمی و فناوری رییس جمهور، معاون برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی رییس جمهور، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، وزیر امور اقتصادی و دارایی، رییس کل بانک مرکزی، رییس بنیاد ملی نخبگان و سه نفر با انتخاب رییس جمهور است.
سرمایه اولیه صندوق نوآوری و شکوفایی، سی هزار میلیارد ریال است که از طریق حساب ذخیره ارزی یا صندوق توسعه ملی یا سایر منابع در حداکثر سه سال، تأمین و پرداخت می‌شود. منابع مالی این صندوق شامل کمک‌های دولت مندرج در بودجه سالانه کل کشور، کمک و سرمایه‌گذاری اشخاص حقیقی و حقوقی و شرکت‌های دولتی وابسته و تابع، نهادهای عمومی غیردولتی و شهرداری‌ها و شرکت‌های وابسته و تابع، سود و کارمزد تسهیلات، درآمد حاصل از سرمایه‌گذاری وجوه مازاد صندوق و سایر منابع در راستای اهداف صندوق، سود خالص صندوق که پس از تصویب هیئت امنا و طی مراحل قانونی به حساب سرمایه صندوق منظور می‌شود و همچنین سایر کمک‌های مالی است. حمایت‌های مالی صندوق نوآوری و شکوفایی شامل انواع کمک بلاعوض، یارانه، ارائه تسهیلات، پرداخت تمام یا بخشی از سود تسهیلات و جرایم متعلقه، انواع خدمات ضمانت‌نامه و مشارکت و سرمایه‌گذاری در طرح‌های نوآوری و فناوری با استفاده از سپرده‌گذاری، جذب و هدایت منابع بانک‌ها و مؤسسات اعتباری و صندوق‌ها در راستای اهداف و وظایف و اختیارات این صندوق است. اساسنامه این صندوق در ۲۰ شهریور ماه ۱۳۹۰ بنا به پیشنهاد شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری و به استناد قانون حمایت از شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان و تجاری‌سازی نوآوری‌ها و اختراعات مصوب ۱۳۸۹، توسط هیئت وزیران به تصویب رسید.
اهم فعالیت‌های صندوق نوآوری و شکوفایی به این شرح است:
- برآورد منابع مالی مورد نیاز و تأمین آن از طریق منابع دولتی، بودجه‌های سنواتی، اخذ کمک، سود سرمایه‌گذاری و کارمزد تسهیلات، درآمد حاصل از سرمایه‌گذاری و سپرده‌گذاری وجوه مازاد صندوق و سایر منابع در راستای اهداف صندوق.
- دریافت هر گونه تسهیلات و جلب مشارکت حسب مورد از بانک‌ها و مؤسسات مالی و اعتباری.
- بررسی وضعیت مالی و اقتصادی شرکت‌ها و مؤسسه‌های دانش‌بنیان به منظور اعطای تسهیلات.
- ارائه خدمات مالی و تسهیلاتی به شرکت‌ها و مؤسسات و فعالیت‌های دانش‌بنیان به صورت اعطای کمک بلاعوض و یارانه و تسهیلات کوتاه‌مدت و بلندمدت و ارائه خدمات ضمانت‌نامه‌ای به صورت مستقیم و غیرمستقیم.
- مشارکت و سرمایه‌گذاری ریسک‌پذیر در مراحل تجاری‌سازی طرح‌ها و فعالیت‌های دانش‌بنیان به صورت مستقیم و غیرمستقیم و نیز کمک مالی بلاعوض در این مورد.
- شناسایی و انتخاب شبکه کارگزاری در ارائه خدمات مالی و تسهیلاتی و پشتیبانی صندوق.
- کمک مالی و حمایت از نهادهای پشتیبان تجاری‌سازی نوآوری و فناوری و فراهم کردن خدمات توانمندسازی شرکت‌ها و مؤسسات دانش‌بنیان.
- مشارکت در تدوین سیاست‌ها و تعیین اولویت‌ها و مقررات مرتبط با اهداف صندوق در کشور و کمک به ساماندهی و هم‌افزایی حمایت‌های موجود در کشور.
- نظارت بر مراحل تخصیص منابع صندوق به شرکت‌ها و مؤسسات و فعالیت‌های دانش‌بنیان.
- همکاری با مؤسسات و نهادها و مجامع تخصصی داخلی و خارجی.
- مدیریت بهینه منابع در اختیار به منظور حفظ ارزش سرمایه صندوق.